尤達筆記整體界面為經典的桌面程序佈局結構,整體上分為五個區域:
其中中間三欄均使用多標籤頁(Tab)形式,導航面板包括目錄樹與標籤(Tag)列表,中間區域包括默認的筆記列表,還包括筆記編輯器、系統幫助等各種標籤頁,而右側的擴展面板,用來放置各種插件面板。

當在中間區域的標籤頁上雙擊時,將自動切換浮動兩側面板,或者相應操作。同時這些操作也可以通過【視圖】菜單操作。

除了這些主要界面元素,以及一些對話框等元素外,另外還有一個隱藏的面板,稱為批量操作面板,當有筆記被選擇後,該面板會自然顯示在狀態欄的上部,該面板一般在用戶操作完畢後隱藏。